Nel 1999, una ciclopica astronave aliena si schianta su Macross, un'isola della Terra.
Dallo studio di questo eccezionale artefatto, gli scienziati terrestri ottengono conoscenze tecnologiche piuttosto avanzate, che portano alla costruzione di nuovi mezzi bellici come i caccia trasformabili VF-1 Varitech (soprannominati anche Valkyrie) ed al ripristino della stessa astronave aliena (ribattezzata, in seguito, SDF-1, Super Dimensional Fortress 1).
Durante la cerimonia d'inaugurazione della nave, il popolo alieno dei giganteschi Zentradi attacca l'isola ed i suoi abitanti. Un pilota acrobatico, Rick Hunter, sale a bordo di un aereo militare (un caccia Valkyrie) e viene suo malgrado coinvolto nel combattimento (schiantandosi infine, sulla casa di una giovane ragazza, Lynn Minmay).
Le forze aliene sono così superiori a quelle terrestri che e il comandante dell'SDF-1, Henry Gloval, ordina di compiere un salto iperspaziale, che trasferisce la fortezza spaziale e, come effetto collaterale, anche gran parte dell'isola di Macross e le due navi da guerra Daedalus e Prometeus, in prossimità di Plutone.
La gigantesca astronave diventa così una vera città spaziale, in cui i superstiti dell'incidente vivono sotto la costante minaccia degli Zentradi, i quali, localizzata la nave ne inseguono la scia.
