L'anziano scienziato Juzo Kabuto costruisce un enorme robot che alla sua morte viene ereditato dal nipote Koji Kabuto, il cui compito è quello di sventare i piani del malvagio dottor Hell, uno scienziato tedesco che nel 1962 aveva partecipato con Kabuto e altri colleghi a una spedizione archeologica nell'isola greca di Bardos alla scoperta dei resti della civiltà micenea. Ritrovato un esercito di mostri meccanici costruiti dai Micenei (Mikenes), il dottor Hell svela le sue reali intenzioni uccidendo tutti tranne Kabuto, riuscito a fuggire, ed impossessandosi di quella tecnologia con lo scopo di far tornare sulla terra i discendenti dell'antico popolo greco, costretti per secoli a rifugiarsi nelle viscere della Terra e, insieme a essi, dominare il mondo.
Kabuto, tornato in patria, dirige il centro ricerche per l'Energia "fotoatomica" che poi lascia al prof. Yumi appena scoperta una lega metallica molto resistente, la Super Lega Z (estratta dal metallo immaginario Japanium) da utilizzare per costruire il robot Mazinga Z; nell'Istituto viene creata Afrodite A, un robot meno potente dalle fattezze femminili costruito dal prof. Yumi e pilotato da Sayaka Yumi, figlia del direttore dell'istituto; successivamente si unisce a questi il Boss Robot, guidato da Boss, Nuke e Mucha, tre compagni di scuola di Koji.
